什么是凝胶电泳？
凝胶电泳系统利用多孔的、带电的凝胶基质，根据分子量(或片段大小)分离出不同的核酸和蛋白质序列。凝胶盒被设计成在介质的一端有一个阴极或带负电荷的电极，在另一端有一个阳极或带正电荷的电极。
电泳方案
凝胶盒填充有离子缓冲器，当阴极和阳极连接到电力时，产生电场。作为蛋白质，DNA和RNA分子携带固有的负电荷;片段通过凝胶介质朝向阳极迁移。迁移速度与片段的大小相关;较小的分子将通过多孔凝胶更快地移动比较大的较慢的分子更快。一旦完成，凝胶将导致通过分子量分离的独特核酸或蛋白质的独特条带。与用于参考的阳性对照梯相比，从凝胶中切除适当的片段以进一步纯化。
A -电泳凝胶配置
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A1 -电泳系统
水平电泳凝胶水平定向铸型主要用于琼脂糖基质内的核酸分离。由于琼脂糖凝胶的孔比聚丙烯酰胺凝胶的孔大，DNA和RNA分子比蛋白质分子大，更适合在琼脂糖中有效迁移。由于水平体系将凝胶基质暴露在大气中的氧气中，琼脂糖被选为比聚丙烯酰胺更好的介质，聚丙烯酰胺在氧气存在下不会聚合。
在线观看:赛莫费雪凝胶水平电泳
A2 -垂直电泳系统
垂直电泳凝胶垂直方向铸型主要用于在丙烯酰胺基质中分离蛋白质。由于丙烯酰胺微孔的直径小于琼脂糖微孔，因此丙烯酰胺凝胶具有更高的分辨率和更大的蛋白质分离度，比核酸片段更小。由于垂直体系需要更薄的凝胶(小于2毫米)，丙烯酰胺是琼脂糖的最佳选择，琼脂糖含有更大的凝胶孔，抑制碎片通过更薄的基质迁移。了解更多有关水平与垂直凝胶电泳系统的差异．
在线观看:水平DNA和蛋白质电泳系统- IBI科学
B -电泳凝胶基质
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B1 -琼脂糖凝胶DNA电泳
琼脂糖凝胶含有比丙烯酰胺凝胶更大（100至500nm）和更少于均匀的孔，使核酸分离的琼脂糖最佳，这涉及比蛋白质分离更大的碎片。琼脂糖凝胶在水平延流期间达到更好的片段分离，设计成容纳比垂直延伸更厚（大于2毫米）的凝胶。
比较在线：琼脂糖电泳凝胶
B2 -丙烯酰胺电泳凝胶
丙烯酰胺凝胶含有比琼脂糖凝胶更小（10至200nm）和更均匀的孔，使丙烯酰胺最佳蛋白质分离，其涉及较小的分子，而不是DNA和RNA分离。丙烯酰胺凝胶在垂直运行期间产生更清晰的片段分离，其设计成需要比水平延伸更薄（小于2mm）凝胶。在大气氧存在下，丙烯酰胺不聚合或硬化，使丙烯酰胺与水平凝胶盒不相容，其暴露凝胶基质至O 2气体。
比较在线：聚丙烯酰胺凝胶
C -电泳样品类型及解析
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C1 - 核酸电泳
对于更高的分辨率和分离清晰度，水平定向琼脂糖凝胶是最佳的DNA和RNA分子。由于水平凝胶利用连续缓冲系统，在分离过程中核酸片段是可获得的。
C2 -血清蛋白电泳蛋白
对于更高的分辨率，垂直导向的丙烯酰胺凝胶最适合蛋白质分子分离。当垂直凝胶利用不连续的缓冲系统时，缓冲器只能在从顶部移动到底部腔室时流过凝胶，允许更精确地控制电压梯度。电压梯度的优化产生较高的分离透明度，适用于线性蛋白股线，其可以证明类似的分子量。
D -电压
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D1 - 120伏电泳系统
在美国，120伏连接适用于低压标准住宅电源插座。
D2 - 240伏电泳系统
与设计工作在120V的设备相比，240伏特的连接需要更少的电流(安培数)和更小的导体。
E - 电泳缓冲容量
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用于制备和运行凝胶的缓冲液的体积和浓度取决于施用和样品类型。两种常用的缓冲制剂是Tris-醋酸-EDTA（TAE）和Tris-Borate-EDTA（TBE）。TAE缓冲液产生线性DNA的更快迁移，以及更好地分辨超线圈或基因组DNA。缓冲器是对分离更长的DNA片段（大于2kb）的最佳选择。
F -电泳凝胶尺寸
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最佳凝胶盒尺寸取决于样品类型、缓冲容量和电压水平。较小的凝胶盒是分离短的线性DNA片段的理想选择，而较大的凝胶盒是分离较长的DNA片段(大于2 kb)的最佳选择。
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